Il primo riscontro storico di questa chiesa risale al 1267, quando Trinchera pubblicò un tabulae nuptiales in greco menzionando il luogo di culto con il titolo di S. Angeli Malfitanorum. Questa denominazione fu mantenuta fino al 1540, come attestato dalla Cancelleria Vaticana, quando gli ebrei furono allontanati da Catanzaro. A partire da quel periodo, gli Amalfitani trasformarono la loro sinagoga di Santo Stefano in un luogo di culto cristiano, aggiungendo al titolo originario la denominazione de Amalphitanis.
Nel XVI secolo, con l’allontanamento degli ebrei e la prosperità economica di Catanzaro, le varie colonie di mercanti si spostarono attraverso la città. La comunità siciliana, inizialmente nella parrocchia di San Nicolao Sicilli (l’attuale chiesa di San Nicola di Morano), si trasferì successivamente a quella di Sant’Angelo.
Dal XVII secolo, la chiesa di Sant’Angelo venne associata al titolo di San Michele Arcangelo de Siclis, diventando il centro religioso di alcuni mercanti siciliani. Dopo il terremoto del 1783, la chiesa fu chiusa e la cura spirituale venne affidata alla parrocchia di San Giorgio con il Piano Regolatore del 1799.
La riapertura avvenne nel XIX secolo grazie a una ristrutturazione promossa dalla famiglia Marincola. La struttura, ad aula unica, presenta tracce di un ingresso laterale, comune a molte chiese catanzaresi del periodo.
Fino agli anni ’80, quando il tetto collassò, la copertura interna era caratterizzata da una controsoffittatura in canne e gesso. Oggi, la chiesa dispone di una volta formana con capriate a vista.
Al suo interno, è custodita una pala d’altare raffigurante San Michele arcangelo, attribuita al pittore Domenico Antonio Colelli.